微生态制剂是指运用微生态学原理，利用对宿主有益无害的益生菌或益生菌的促生长物质，经特殊工艺制成的制剂。近几年来，家禽家畜养殖业中微生态制剂已经在逐步地取代传统的添加剂。在未来，微生态制剂作为遵循生态环境自然循环法则的无公害制剂，将是添加剂行业的一种发展趋势。
畜禽养殖应用
畜禽上的微生态制剂有：
① 乳酸菌类：嗜酸乳杆菌，嗜热乳杆菌，双歧杆菌，醋酸菌群。
② 杆菌类：枯草芽孢杆菌，纳豆芽孢杆菌，地衣芽孢杆菌，腊状芽孢杆菌，放线菌群。
③ 酵母菌：子囊菌、担子菌单细胞真菌。
④ 光合细菌：水产养殖中运用的光合细菌主要是光能异养型红螺菌科的，如沼泽红假单胞菌。
⑤ 产酶益生素：筛选的益生素可以产酶，促进消化。
⑥ 复合菌类：发酵中药、专业发酵处理污水、垃圾、秸秆、生物肥料、生物饲料。
⑦ 中药微生态饲料添加剂：活菌发酵中药微生态、死菌中药微生态。
作物种植应用
在种植业上应用的微生态制剂大体上可分为3个主要类型：
第一类是生物防治用微生态制剂，在种植业的病虫害防治上使用较早，如芽孢杆菌。
第二类是土壤微生态制剂，可改善土壤物理、化学和生物特性。
第三类是植物微生态制剂，典型的例子是中国农业大学与益富源东方国际农林水产研究中心联合研制开发的增产稳产种植菌。近年来，出现了许多综合性的微生态制剂，它可以兼具植物微生态制剂、土壤微生态制剂和生物防治用。
微生态制剂3种功效，有的还具有消除土壤化学毒素、净化土壤环境的功能。
水产养殖应用
按照用途，微生态制剂可以分两大类：一类是体内微生态改良剂，将其添加到饲料中用以改良养殖对象体内微生物群落的组成，应用较多的有乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌、EM菌等；
另一类是水质微生态改良剂，将其投放到养殖水环境中以改良底质或水质，主要有光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、反硝化细菌、EM菌等。
微生态制剂在种植业上的主要作用：
1. 许多微生态制剂本身就含有大量的营养物质，调节生长，促进植物生长功能的释放。
2. 一些微生物在其发酵或代谢过程中，产生一定量的植物内源生长调节剂能使作物生长健壮，促熟增产，具有抗衰老、抗干旱、抗盐碱、抗强光、抗干热风等作用。
3. 一些微生物可产生药理活性物质，直接调节微生物区系，改良土壤结构，促进作物根系发达，抑制病原菌，控制病害发生，达到预防和治疗作用。
4. 微生态制剂的微生物均为有益菌，它们与植物体内有益菌一起形成强有力的优势种群，大量繁殖，通过竞争抑制使有害菌的增殖受到抑制。
微生态制剂在养殖业上的主要作用
固态发酵：性状为潮湿粉末，以保持有益菌活性。根据载体不同可分为中药发酵微生态饲料添加剂、发酵蛋白饲料、发酵饲料、青贮饲料。
液态发酵：采用全自动乳酸菌发酵系统，采用优质菌株，相关业者(或者农户)自发酵，以保持有益菌活性，保证产品使用效果。
1.抑制动物体内的有害病菌
微生态制剂对动物体内的病菌起到了良好的抑制作用。其中的有益菌群和致病菌进行竞争，争夺在动物肠黏膜上皮细胞上的生存上空间，通过对动物肠道的免疫系统细胞的刺激，争夺生态位点以及有限的营养物质，使得致病菌的生长受到了严重的限制。另外，这些有益菌群还能将大肠杆菌所产生的有毒物质中和，使得机体的新陈代谢加速，动物生长速度加快。
2.维持动物内环境的平衡
动物肠道中有很多微生物，这些菌群对于保持动物肠道的平衡有很大作用。一旦有致病菌侵入，破坏了肠道的平衡，就会导致动物的发病症状。而微生态制剂中的有益菌群能和肠道内的正常菌群共生、栖生等，从而提高动物的免疫能力，通过产生促生长因子以及其他营养物质促进动物体的生长，起到了预防疾病等作用。一般来说，动物肠道内的优势菌群占绝大部分，因此，当这部分菌群受到有害菌的侵略及影响时，对机体带来很大的威胁，因此，使用微生态制剂有利于促进动物肠道内菌群的正常作用的发挥，通过消除肠道内的氧气，促进厌微生物的生长，从而调节菌群的平衡。
3.提高机体的免疫能力
微生态制剂会刺激动物体，使其产生干扰素，这些干扰素有助于提高巨噬细胞的活性和免疫球蛋白的浓度。尤其是制剂中的乳酸杆菌，它能是肠道中发生局部的免疫反应，促进免疫器官的发育，增加免疫细胞的数量，从整体上提高动物体的免疫功能。当微生态制剂中的有益菌群在动物肠道粘膜中排列时，能够与致病菌争夺位点，形成一层保护膜，阻碍的致病菌的生长繁殖。
4.净化动物的内环境
微生态制剂中的有益菌群能抑制体内腐败菌的生长繁殖，从而降低了腐败物质产生的量，使粪便中的硫化氢等物质含量大大降低。同时，有益菌有益菌群还能产生各种分解有害物质的酶类，通过分解转化，降低了肠道以及血液中的氨浓度，且对外界环境的污染也减少了，饲养环境得以改善。
5.生成有益物质
微生态制在肠道中可以代谢产生有益物质，例如淀粉酶、氨基酸、维生素等物质，也能通过降解动物饲料中的抗营养因子，促进动物更好地生长。同时，微生态制剂的添加，还能有效抑制动物体内各种有害物质的产生，例如氧自由基、毒素等，为动物的生长清除了障碍。
微生态制剂在水产养殖中的主要作用
1 分解有机污染物，净化环境
体内微生态改良剂中的乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌、EM菌等能提高饲料中蛋白质等成分的利用率，抑制腐败微生物的繁殖，减少氨及其它腐败物质的产生，从而改善水体环境；水质微生态改良剂中的光合细菌、硝化细菌、芽孢杆菌等能参与有机物的降解，发挥氧化、氨化、亚硝化、硝化、硫化、固氮等作用，分泌胞外酶素，消除水体中的有机物、氨氮、硫化氢等有害物质，降低化学需氧量 (COD)和生物耗氧量(BOD)，间接增加水体中的溶解氧，改善水体环境。
2 补充营养成分，促进养殖动物健康生长
微生态制剂中的许多细菌本身含有丰富的蛋白质、氨基酸、维生素等营养物质，是优质饲料添加剂或动物幼体的优良饵料。水生动物消化道内微生物菌群的存在及它们与宿主之间的平衡，保证了宿主正常的代谢，为机体的生长发育提供了丰富的营养物质，也促进了消化道内多种氨基酸、维生素等一系列营养成分的有效合成和吸收利用，从而促进机体生长发育。如光合细菌富含蛋白质、维生素和微量元素等；芽孢杆菌还可产生淀粉酶、脂肪酶和蛋白酶等消化酶类，协助动物消化饵料，提高饲料利用率。
3 抑制病原菌，提高机体免疫力
水产养殖动物体内、外环境中存在着一个微生物的动态平衡系统，其中有益菌群和有害菌群共同生存。当水生动物受到各种不良因素的影响时，如养殖环境恶化、营养不足以及长期使用药物等，这种平衡就会被打破，原有的群落结构发生变化，引起致病菌群大量繁殖。微生态制剂具有生物活性，施放后能迅速繁殖而成为优势种群，与有害菌群争夺空间和有限的营养，使有害菌群处于不利的生存环境，抑制其生长和繁殖。微生态制剂还是良好的免疫激活剂，某些有益微生物除了能够竞争性排斥病原菌外，还可产生或含有抗菌物质和多种免疫促进因子，可活化机体的免疫系统，强化机体的应激反应机制。
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