一般情况下，把渔农看中的好水概括为肥、活、嫩、爽四个字，这样的概括比仅凭水色来看要全面得多。枯草芽孢杆菌投入水中后，会在水中生长繁殖，对水域中各个生态因子都会产生作用。
一、枯草芽孢杆菌的肥水作用
肥水的概念还比较乱，一般有以下几种含义：
A、营养盐类含量高
B、有机物含量高
C、可消化的浮游植物含量高
为了达到理想的养殖用“肥水”，在养殖初始阶段，一般往水中投入较多的有机肥和化肥。化肥的效果比较速效，但肥效短；有机肥的肥效长，但肥效慢。现在，一般以有机肥为主。有机肥的营养成分大多数都是有机大分子，不能直接被藻类吸收，必须经过水中的细菌分解为小分子后才能被吸收。在养殖初期，水中的细菌数量还比较少，因此在此时添加枯草芽孢杆菌制剂，对于分解水中的有机大分子，成为利于藻类吸收的小分子非常有利。枯草芽孢杆菌制剂对于水体中有机物的分解来自两方面的内容：
A、枯草芽孢杆菌制剂中的活菌，可以在水中产生多种分解酶，将有机肥中的大分子分解成为小分子，但这一过程发生在芽孢活化生长之后。
B、制剂中枯草芽孢杆菌原先代谢产生的酶类。枯草芽孢杆菌制剂中有丰富的多种酶类，比如蛋白酶、淀粉酶、纤维素酶、多糖酶等等。这些酶类在进入水中之后就开始发挥分解有机肥的作用。在实践中，芽孢杆菌制剂的添加，使水体变绿的时间提前3天左右。随着水温的升高，提前的速度还会更快。
二、枯草芽孢杆菌的嫩水作用
嫩指水肥而不老。所谓水老，一般有两种含义：一是指浮游生物大量死亡，水色发黑。二是指水色过浓，透明度过低（<１０ｃｍ），浮游生物量过大，藻类的光合作用速率下降，ｐｈ值居高不下（９～１０）。出现水老的情况下，一般有以下几个特点：
Ａ、水温偏高，藻类生长过快。
Ｂ、水过肥，有机质含量高，营养过剩，但不是藻类能够利用的营养，相反此时藻类能够利用的营养相对不足。
Ｃ、PH值偏高（９～１０）。综合来说，就是水中的能量和营养传递机制出了问题。要找出解决这个问题的措施，就要根据水域环境的物质与能量流动机制特点制定相应的解决措施。
枯草芽孢杆菌的嫩水作用实际上就是促进藻群的更新，及时分解水中有机物，防止藻类的突然死亡。另外枯草芽孢杆菌作为浮游动物的优良饵料也会促进轮虫等浮游动物的增长，增强浮游动物对于藻类特别增殖速度很快的单胞藻的滤食作用，降低藻类的过度增长。枯草芽孢杆菌的这种有机物营养再分配功能，比较多的有利于藻类的生长。特别是防止粪便、死藻、残饵的过度积累，造成浮游动物数量的爆发性增长，导致水质完全恶化。
三、枯草芽孢杆菌的活水作用
水活是指水色和透明度有变化。水色和透明度的变化是水变化的两种表现特征，其本质上应该是指水中的有机物能及时转化为浮游饵料，尽量不要有机物沉积到池底，形成死水。枯草芽孢杆菌可以增强水域生态中细菌族群的分解功能，不但可以促进藻类的生长，还可以作为浮游动物的饵料而进入生物链，其活水的作用是比较容易理解的。
四、 枯草芽孢杆菌的爽水作用
爽水的基础是嫩，即浮游植物处于种群增长期，同时浮游生物之外的杂质、泥砂和其他悬浮物很少，也就是浑浊度不能过大。枯草芽孢杆菌具有分解多种有机物的能力，特别是对于老死藻类具有很强的分解作用。其实有了芽孢杆菌前面所说的肥水、嫩水、活水，就不难理解爽水的道理。
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