随着我国水产养殖业的规模扩大，传统高密度的养殖模式和养殖品种单一等现状导致养殖生态环境失调，各种病害频发。同时，长期、大量使用抗生素等化学药物不仅使部分病原菌产生了抗药性，还破坏了水产动物消化道内正常菌群生态环境，使其产生免疫抑制作用。而抗生素的过量使用，会导致在水产动物体内的大量积累，对人类健康也是一种潜在威胁。 因此，水产养殖业必须走可持续发展道路。
微生态制剂是从天然环境中筛选出来的有益微生物菌种，经过培养后制成的活菌菌剂。广义上的微生态制剂菌剂应包括细菌、真菌、藻类及其代谢产物在内，可改善动物肠道环境和水体环境的微生态制剂平衡，增强动物的免疫防御能力，抑制病原菌生长的生物制剂。
水产上主要应用的微生态制剂有：光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、酵母菌、低聚糖等，下面
1、水产养殖微生态制剂——光合细菌
光合细菌（Photosyntheticbacteria）是一群生理上不同的细菌，主要是水生细菌，其细胞呈球状、杆状、弧状或者螺旋状。 所有光合细菌均含有菌叶绿素和类胡萝卜素。光合细菌含有高达60%的蛋白质，营养丰富，同时含有辅酶Q、维生素B、叶酸等能够提高养殖动物免疫力，促进生长，提高经济效益。同时光合细菌具有改善水质的作用，使用光合细菌的水体溶解氧升高，氨氮浓度下降，水色黄绿，生产力随之增加。
2、水产养殖微生态制剂——芽孢杆菌
芽孢杆菌为革兰氏阳性菌，菌体杆状，多数运动，产芽孢，其中有几个种能产肽类抗生素。芽孢杆菌的这些特点决定了其可以作为益生菌被人类所利用。在水产养殖中使用芽孢杆菌，能有效降低氮和磷的浓度，增加溶氧，提高产量，使养殖业获得了良好经济和环境效益。
3、水产养殖微生态制剂——硝化细菌
硝化细菌是化能自养菌，细胞形态多样，无芽孢，革兰氏阴性菌。硝化细菌可以氧化氨氮和亚硝酸盐为硝酸盐，形成可以被吸收的营养物质，从而降低水体的暗淡和亚硝酸盐的含量，为养殖动物营造健康的养殖环境。据研究投入硝化细菌浓度为100cfu/L的罗非鱼养殖池塘，其氨氮亚硝酸盐均有所降低，水质得到改善，鱼体体重有所增加。
4、水产养殖微生态制剂——酵母菌
酵母菌含有丰富的蛋白质和维生素，已经被水产水产饲料用作为优良的添加剂。酵母菌中的有些种类也具有降低水体氨氮，净化水质的功能，如假丝酵母菌。
5、水产养殖微生态制剂——低聚糖
低聚糖是一类寡糖。。是水产养殖中常用益生元的一种。其中，功能性低聚糖不能被宿主直接吸收，但可特异性地增殖优势种群微生物，如双歧杆菌、乳酸菌等，同时也可抑制有害菌，提高机体免疫能力。据日本报道，实验研究已证明双歧杆菌活菌制剂中加入低聚糖后，其效果比对照提高10～100倍。
6、水产养殖微生态制剂——抗菌肽
抗菌肽，顾名思义，具有抗菌活性的多肽，具有广谱杀菌作用，在水产养殖上具有较大的应用潜力。据研究，在饲料中添加抗菌蛋白后，南美对虾的生长速度、增重率、成活率和抗病力均有所提高。
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