畜禽养殖应用
畜禽上的微生态制剂有：
① 乳酸菌类：嗜酸乳杆菌，嗜热乳杆菌，双歧杆菌，醋酸菌群。
② 杆菌类：枯草芽孢杆菌，纳豆芽孢杆菌，地衣芽孢杆菌，腊状芽孢杆菌，放线菌群。
③ 酵母菌：子囊菌、担子菌单细胞真菌。
④ 光合细菌：水产养殖中运用的光合细菌主要是光能异养型红螺菌科的，如沼泽红假单胞菌。
⑤ 产酶益生素：筛选的益生素可以产酶，促进消化。
⑥ 复合菌类：发酵中药、专业发酵处理污水、垃圾、秸秆、生物肥料、生物饲料。
⑦ 中药微生态饲料添加剂：活菌发酵中药微生态、死菌中药微生态。
作物种植应用
在种植业上应用的微生态制剂大体上可分为3个主要类型：
第一类是生物防治用微生态制剂，在种植业的病虫害防治上使用较早，如芽孢杆菌。
第二类是土壤微生态制剂，可改善土壤物理、化学和生物特性。
第三类是植物微生态制剂，典型的例子是中国农业大学与益富源东方国际农林水产研究中心联合研制开发的增产稳产种植菌。近年来，出现了许多综合性的微生态制剂，它可以兼具植物微生态制剂、土壤微生态制剂和生物防治用。
微生态制剂3种功效，有的还具有消除土壤化学毒素、净化土壤环境的功能。
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